La mención de la piedra filosofal en la escritura se puede encontrar en Cheirokmeta de Zósimo de Panolis (c. 300 d.C.). Los escritores alquímicos asignan una historia más larga. Elias Ashmole y el autor anónimo de Gloria Mundi (1620) afirmaban que su historia se remonta a Adán, que adquirió el conocimiento de la piedra directamente de Dios. Se dice que este conocimiento fue transmitido a través de los patriarcas bíblicos, dándoles su longevidad. La leyenda de la piedra también se comparó con la historia bíblica del Templo de Salomón y la piedra angular rechazada descrita en el Salmo 118.
Las raíces teóricas que describen la creación de la piedra se remontan a la filosofía griega. Más tarde, los alquimistas utilizaron los elementos clásicos, el concepto de ánima mundi, y las historias de creación presentados en textos como el Timeo de Platón como analogías para su proceso. Según Platón, los cuatro elementos se derivan de una fuente común o materia prima (primera cuestión), asociado al caos. Prima materia es también el nombre alquimista asignado a la materia prima para la creación de la piedra filosofal. La importancia de esta primera cuestión filosófica persistió a través de la historia de la alquimia. En el siglo XVII, Thomas Vaughan escribió, “la primera cuestión de la piedra es la misma con la primera cuestión de todas las cosas”.
Edad Media.
El alquimista del siglo octavo Jabir ibn Hayyan (latinizado como Geber) analizó cada elemento clásico en términos de las cuatro cualidades básicas. El fuego era caliente y seco, la tierra fría y seca, el agua fría y húmeda, y el aire caliente y húmedo. Se teorizó que todos los metales eran una combinación de estos cuatro principios, dos de ellas interior y dos exteriores. Partiendo de esta premisa, se razonó que la transmutación de un metal en otro podría verse afectada por la reordenación de sus cualidades básicas. Este cambio probablemente estaría mediado por una sustancia, que llegó a ser llamado en árabe al-Iksir (del cual se deriva el término Occidental elixir). Muchas veces se considera que existe como un polvo seco de color rojo (también conocido como al-Kibrit al-Ahmar الكبريت الأحمر- azufre rojo) proveniente de una legendaria piedra—la piedra filosofal. La teoría de Jabir se basaba en el concepto de que los metales como el oro y la plata podrían estar escondidos en aleaciones y minerales, de los cuales podrían ser recuperados por el tratamiento químico adecuado. Se cree que propio Jabir es el inventor del agua regia, una mezcla de muriático (clorhídrico) y nítrico, una de las pocas sustancias que pueden disolver el oro (y que todavía se utiliza frecuente para la recuperación de oro y purificación).
En el siglo XI, hubo un debate entre los químicos del mundo musulmán de si era o no posible la transmutación de sustancias. Un opositor principal fue Avicena (Ibn Sina), quien desacreditó la teoría de la transmutación de las sustancias, diciendo: "Los de la nave química saben bien que ningún cambio se puede realizar en las diferentes especies de sustancias, aunque pueden producir la apariencia de tales cambios."
Según la leyenda, se dice que el científico y filósofo del siglo XIII Alberto Magno habría descubierto la piedra filosofal y la pasó a su discípulo, Tomás de Aquino, poco antes de su muerte, alrededor del año 1280. Magnus no confirmó que descubrió la piedra en sus escritos, pero lo hizo constar que fue testigo de la creación de ese metal efectuada por la "transmutación”.
