Debido a la guerra entre ambos, ninguno de los dos bandos estaba en condiciones de defender la ciudad con eficacia y el 15 de julio de 1099, los cruzados lograron pelear por las murallas y entrar en la ciudad.
Cuando los cruzados entraron, uno de los acontecimientos más horribles en la historia de la mezquita de al-Aqsa fue perpetrado.
Desde que los cruzados dejaron claro que no tomarían prisioneros, una gran parte de la población musulmana de la ciudad huyó a la mezquita buscando seguridad allí.
Lugar santo o no, los cruzados estaban decididos a hacerse con todos los musulmanes de la ciudad.
Entraron en la mezquita con armas, decididos a matar a todos en la mezquita.
La masacre posterior mató a miles de musulmanes en la mezquita.
Para los cruzados, esto era una limpieza necesaria del lugar santo.
Numerosos cruzados escribieron con orgullo sobre la masacre.
Incluso escribió acerca de lo maravilloso de un sitio que era ver a los cruzados "hasta las rodillas en la sangre" en la mezquita. Para los musulmanes, esta fue la peor tragedia de la mezquita en su historia.
Para los cruzados, la eliminación de los musulmanes de Jerusalén les permitió transformar el Haram en su propia visión.
El primer gobernante del nuevo reino de Jerusalén, Godfrey, se instaló en la mezquita de Al-Aqsa.
El interior de la mezquita fue completamente renovado para convertirlo en un palacio con nuevas paredes internas, habitaciones y jardines. Por supuesto, todos los signos de su pasado musulmán estaban cubiertos. La caligrafía en la mezquita estaba cubierta, alfombras de oración desechadas, y el mihrab (nicho de oración) estaba amurallado con ladrillos.
En cuanto a la Cúpula de la Roca a unos cientos de metros al norte, los cruzados también planeaban asignar el edificio para sus propios fines. En su mayoría ignoraban la historia del edificio. Algunos incluso creían que era el templo original construido por Salomón, Profeta Suleyman, en tiempos antiguos.
En cualquier caso, convirtieron el edificio en una iglesia conocida como el Templo del Señor. Al igual que en la mezquita de Al-Aqsa, la caligrafía islámica estaba cubierta y todos los signos de su pasado islámico fueron borrados. La roca debajo de la cúpula estaba cubierta de mármol y transformada en un altar para las oraciones.
