Seqenenra nació en una época compleja, por aquel entonces, hacia 1560-1550 a. C., el delta de Nilo, al norte del país estaba dominado por los hicsos, un conjunto de pueblos provenientes de Asia cuyos dirigentes gobernaban casi todo Egipto. Sin embargo, el sur seguía siendo gobernado por dirigentes vasallos de origen egipcio, que resistían e incluso conspiraban contra el invasor. Uno de los territorios más rebeldes era el nomo de Tebas, gobernado por los mandatarios de la dinastía XVII, posibles descendientes de la dinastía XIII.
Los intentos de rebelión en otros fuertes principados, como el de Abidos, habían sido sofocados con dureza, y los príncipes tebanos se ocupaban de conspirar en silencio, sin despertar demasiadas sospechas. Mas, algo cambió con Seqenenra.
Existe un conocido relato mitad historia y mitad leyenda, nos cuenta como una embajada hicsa fue a Tebas a exigir a Seqenenra que sacrificase a los hipopótamos sagrados, pues, según decían, con sus ruidos no dejaban dormir al rey hicso, coronado faraón. No sabemos si la exigencia era textual o simbólica, y con esto se querían referir a que a sus oídos habían llegado noticias de rebelión y "recomendaban" apresar a los culpables. Sea como fuere, Seqenenra se lo tomó como una auténtica provocación y no dudó en declarar la guerra, no sin antes coronarse rey legítimo.
Pese a estar atrapado al norte por el reino de Menfis de los hicsos y al sur por el reino Kushita (Kerma) de los nubios, Seqenenra armó una considerable tropa y marchó hacia el Egipto Medio a luchar contra el rey hicso Apopi I, de la poderosa dinastía XV. Al parecer consiguió al principio algunas victorias, pero la situación no era favorable pues las fuerzas hicsas seguían siendo demasiado poderosas. Seqenenra, derrotado y muerto en combate, fue trasladado a Tebas como un auténtico héroe. La guerra de liberación de Egipto no había hecho más que comenzar.
El reinado de Seqenenra fue corto, apenas superior a cuatro años, pero fue el antecedente de lo que vendría después. Los fieles consiguieron hacerse con el cuerpo destrozado del rey, momificarlo y enterrarlo en la necrópolis real de la época, en Dra Abu el-Naga.
El hacha de bronce con el nombre de Seqenenra en la imagen, se encuentra en el Museo de Arte de Los Angeles USA.
