Padeció lepra desde niño y tuvo que ocultar su rostro con una máscara de plata, al mismo tiempo, sus manos y sus pies se desvanecían y la ceguera le alcanzaba al final de su vida.
Su enfermedad fue diagnosticada a los nueve años de edad, mientras el futuro rey estaba jugando con otros niños y su tutor, el historiador Guillermo de Tiro, lo observaba atentamente.
Durante el juego, los muchachos imitaban las batallas de los cruzados. Se arañaban y pellizcaban unos a otros en las zonas descubiertas, como brazos y manos. Todos gritaban y daban muestras de dolor, mientras Balduino permanecía insensible.
Guillermo su educador, un hombre culto y sabio fue el primero en ver en este episodio los síntomas de la terrible enfermedad y tras examinar al joven príncipe, escribe: "Percibí que la mitad de su mano y brazo estaban muertas, de forma que no podía sentir en absoluto el pinchazo. Ni siquiera si era mordido." Guillermo sospechó que se encontraba ante el inicio de la lepra, una enfermedad incurable, muy temida en aquel tiempo por la desfiguración y el rechazo social que provoca.
Siempre se ha evitado el contacto con los leprosos, sin embargo, es una enfermedad muy poco contagiosa, que presenta un periodo de incubación muy largo. De hecho, es menos contagiosa que la viruela, el cólera o el sarampión.
Durante la Edad Media se pensaba que su contagio aumentaba en lugares sucios, que era provocada como castigo a los pecados o que se transmitía por vía sexual. No obstante, el caso de Balduino desmiente estas creencias. Posiblemente, el príncipe contrajo la enfermedad a través de un criado.
Balduino fue coronado rey al cumplir los 13 años y a pesar de su enfermedad, preservó con ahínco las fronteras del reino de Jerusalén, demostró ser un valeroso guerrero y un hábil general. El caso de Balduino probablemente contribuyó a que en el mundo cristiano se incrementase el interés hacia esta enfermedad y la tolerancia hacia quienes la padecían.
