A nivel territorial la Orden estaba dividida en Prioratos, Bailías y Encomiendas.
En un entorno geográfico próximo, grupos con un mínimo de nueve eclesiásticos (caristicarios) de los que al menos cinco deberán ser caballeros constituyen una Encomienda. Los emperadores y patriarcas les encomendaban los monasterios y hospitales arruinados, a fin de que lo reedificasen y restableciesen. En esta orden uno de los caballeros por sus servicios antigüedad tomará el título de comendador y será quien dirija la encomienda.
Las encomiendas eran unidades de gestión autosuficientes y su función era acumular y comercializar los excedentes necesarios para sufragar los gastos de la Orden en Tierra Santa. Los Templarios demostraron ser excelentes administradores que en todo momento recurrieron a técnicas modernas para mejorar los rendimientos.
Realizaban también remuneradoras actividades bancarias basadas en su formalidad y solvencia. Muchos fueron los particulares que le confiaron la custodia de grandes cantidades de dinero y del Papado consiguieron que les encargase las colectas de la Cruzada. Entre sus actividades se especializaron en prestar dinero a reyes y señores en apuros a cuenta de la cobranza de impuestos
La Bailía, también llamada bailiazgo, se refiere a la comunidad donde se encuentran tres o más encomiendas. Estará lidereada por un Bailío o Baile que en algunos lugares será como un juez ordinario o alcaide de alguna villa o lugar.
Por último, el priorato, que consiste en un establecimiento monástico que está bajo la dependencia de una abadía y está liderado por un prior. Los monjes se encargaban de gestionar y enviar las rentas a su abadía. A su vez, los prioratos disponían de iglesias que eran construidas y mantenidas por la Abadía Madre.
Después de completado el trazado urbano y erigida la iglesia, las casas que con el tiempo integraron los alrededores, sus vecinos y feligreses, más sus heredades, están bajo la jurisdicción del prior que ponía allí la Orden para que sirviera la iglesia, constituyendo un priorato o encomienda menor. Si un priorato alcanzaba cierta autonomía, tanto de personal, como económico, éste podía ser elevado a la categoría de abadía. La iglesia se hacía entonces iglesia abacial y en lugar de un prior, la comunidad de monjes nombraba un abad
